聯盟設理事會。理事會是聯盟的最高領導決策機構，由部分成員單位組成。聯盟設理事長一名（由新疆農業職業技術學院擔任），和副理事長、理事若干。副理事長單位、理事單位由加盟單位推薦并經理事會選舉產生。理事會任期一屆3年。

理事會主要職責包括：

（一）確定聯盟定位、發展原則、組織架構及制度安排；

（二）制訂聯盟發展規劃；

（三）確定聯盟成員單位資格；

（四）確定聯盟重大事項；

（五）審定聯盟年度工作計劃；

（六）指導聯盟開展活動。

聯盟設秘書處，負責聯盟日常事務。秘書處設在理事長單位（新疆農業職業技術學院），設秘書長一名，配備專職工作人員。

新疆農業職業技術學院本部為聯盟常設辦公地點。

聯盟設專家顧問委員會，負責指導聯盟工作，開展相關研究并提出建議，供理事會決策參考。專家顧問委員會任期與理事會一致。